空间组学研究并不是技术越多越好，而是要看科学问题本身需要什么层面的信息。如果研究目标是寻找未知基因表达区域，空间转录组很有价值；但如果问题已经明确指向已知细胞类型、蛋白标志物、细胞功能状态和细胞邻域关系，PCF （CODEX）这类组织原位空间蛋白组学方法就可以成为更直接的研究方案。特别是在 FFPE 组织、病理样本和肿瘤微环境研究中，研究者往往更关心“这些细胞是谁、表达什么蛋白、处于什么状态、靠近哪些细胞”，这正是PCF擅长观察的方向。
这篇Cancer Cell小细胞肺癌研究提供了一个很好的方法学参考。研究者没有把重点放在单纯的转录表达发现上，而是使用PCF(CODEX)35个抗体 Panel，在组织原位同时观察肿瘤细胞谱系标志物、免疫细胞标志物、免疫检查点、增殖、间质和功能状态相关蛋白。通过这种方式，研究不只是统计组织里有多少肿瘤细胞、T 细胞或巨噬细胞，而是进一步观察不同细胞在同一张组织切片中的空间排列方式，以及局部微环境是否形成具有特定结构的细胞邻域。
从PCF的角度看，这类研究场景非常典型：研究对象不是“我要重新发现所有细胞类型”，而是“我已经知道要观察哪些细胞和哪些蛋白，但需要把它们放回组织原位”。例如肿瘤细胞可以通过 ASCL1、NEUROD1、POU2F3、YAP1 等标志物观察分型相关信息；免疫细胞可以通过 CD3、CD4、CD8、CD20、CD68、CD11c 等标志物识别主要谱系；细胞状态可以结合 Ki67、SLFN11、GZMB、PD-1、CTLA4、Vimentin 等蛋白进行组织层观察。PCF的价值就在于把这些标志物放在同一空间坐标中，而不是分别看单个指标。
适合直接选择PCF技术的课题，通常具有几个共同特点。
- 研究问题已经比较明确，例如关注 T 细胞状态、TAM 空间分布、肿瘤细胞异质性、CAF 或内皮细胞生态位。
- 核心证据来自蛋白层面，例如免疫检查点、细胞毒性、增殖、抗原呈递、缺氧、上皮-间质相关状态等。
- 研究需要结合病理区域，例如肿瘤核心、肿瘤-间质边界、坏死区、血管周围或免疫细胞聚集区。
- 样本以 FFPE 为主，需要在保存组织结构的前提下完成单细胞分辨率观察。
因此，并不是所有组织微环境课题都必须从空间转录组开始。当研究目标已经指向蛋白标志物、细胞状态和细胞邻域关系时，PCF可以作为一种高效、直接的组织原位空间蛋白组学设计参考。它不是要替代空间转录组，而是在特定科研问题中，把“蛋白是否表达、细胞处于什么状态、细胞靠近谁”这些问题观察得更具体。对于肿瘤免疫微环境、炎症组织分区、细胞状态分型和病理区域比较类课题，PCF尤其适合承担蛋白层面的空间观察任务。
【说明】本文仅为科研技术方法介绍，不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献，相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核，不构成任何医疗意见。
